| 市町村名 | 重要港湾 | 地方港湾 | ５６条港湾 |
| 長崎市 | 長崎港 | 茂木港、太田尾港 伊王島港、高島港 脇岬港、古里港 神ノ浦港、池島港 小口港 |
東望港 |
| 佐世保市 | 早岐港、臼ノ浦港 | ||
| 島原市 | 島原港 | ||
| 諫早市 | 久山港、田結港、城ノ下港、 小長井港 |
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| 大村市 | 大村港 | 三浦船津港 | |
| 五島市 | 福江港 | 椛島港、芦ノ浦港 富江港、玉ノ浦港 浜窄港、岐宿港 相の浦港 |
浜脇港、折紙港、 毛吹港、カヅメ港、 大川港、渕ノ元港 |
| 平戸市 | 平戸港、川内港、 古江港、大島港 田平港、（江迎港） |
紐差港、中の浦港、 大川原港、獅子吼港 大塔港、久吹港 鯨ヶ浦港 |
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| 西海市 | 宮浦港、瀬川港 七ﾂ釜港、面高港 太田和港、崎戸港瀬戸港、松島港 大瀬戸柳港 肥前大島港 |
小迎港、阿房下港 | |
| 松浦市 | 調川港、松浦港、 下田港、福島港 床浪港、神崎港 |
岳崎港、三代港、 三里港、原港 |
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| 壱岐市 | 郷ノ浦港 | 森ノ浜港、勝本港、 印通寺港 |
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| 対馬市 | 厳原港 | 小茂田港、竹敷港 仁位港、曽ノ浦港 峰港、仁田港 鹿見港、佐須奈港 比田勝港 |
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| 雲仙市 | 多比良港、神代港 西郷港、小浜港 |
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| 南島原市 | 口ノ津港 須川港 堂崎港 |
石田港 |
重要港湾 国の利害に重大な関係を有する政令で定められた港湾。
地方港湾 重要港湾以外の港湾で、概ね地方の利害にかかる港湾。
56条港湾 港湾区域の定めのない港湾で、都道府県知事が水域を公告した港湾。
※港湾のみ記載しております。なお、佐世保港は佐世保市の管理となっております
のでリストには含まれていません。
（このほか、県市町管理漁港が２８６港存在します。）